No hubo solución lógica. Al final clone el objeto, pero no lo metí dentro de un model.
Me huele a alguna cosa sin demasiada explicación al instanciar modelos que contienen clones. Tal vez algún lío por no hacer un freeze scale ya que el modelo instanciado lo usaba como simetría escalando en negativo.
De todos modos tengo otros objetos dentro de un model, que contienen clones y la instancia de los modelos está escalada en negativo. La misma situación vaya, y salen todos en el render.
Ha sido una cosa muy rara la verdad.