Bienvenido¡
vamos por partes xD
para evitar seleccionar componentes indeseados debes usar el modo raycast. Tecla E para aristas y tecla U para polígonos, desgraciadamente no hay para puntos.
lo de las ventanas, llamadas PPP, es una opcion que se elige en menu file-user preference-interaction-general, "automatically popup..." aunque, como ahi mismo se te indica, si pulsas la tecla control, alternaras el metodo que tengas elegido, para un momento en concreto.