"Neutral pose" es un offset, un desfase del transform real de un centro de un objeto. Por no mencionar que es una propiedad editable y hasta animable.
Cuando haces "Freeze all transforms" (no "free" como dices, es "freeze", de congelar) los centros reales de los objetos son movidos al 0,0,0, lo que significa el centro del objeto padre (y si no lo tienen, el sceneroot, que seria el centro del mundo).
Es por pura comodidad. Te permite desfasar la traslacion/rotacion/escalado de forma tal que tu centro puede estar en un sitio diferente del que deberia, sin que actue como tal (mostrandote el manipulador en el sitio real, digamos).
No se si me explico. Pregunta si sigues con dudas.