Tu mismo has respondido a la respuesta... usa el "Shrinkwrap" deformer (en Animate, en "Deform") a dicho objeto y seleccionas un objeto al que quieres que se pegue. Juega con las opciones hasta obtener el mejor resultado.
Luego puedes perfectamente hacerle las boleanas que quieras, o extruir, o lo que te de la real gana.