Según lo que comentas tienes algún problema de permisos. Por tanto, poco o nada tiene que ver con XSI o Media Composer.
Asegurate que ambas particiones tienen el mismo propietario, asigna permisos de lectura y escritura para el propietario y haz que se propaguen esos permisos a todos los directorios y archivos de ambas particiones.
Por supuesto, el propietario que asignes a las particiones ha de ser el usuario con que te logueas y ejecutas tanto XSI como Media Composer.
Si te quieres curar en salud, prueba antes a asignar Todos con permisos de lectura y escritura a AvidMediaFiles, y sus subdirectorios directorios. Aunque con esto os nuevos archivos que se generen en uno de esos directorios cogerán los permisos y propietario de la partición.
Lo de tener instalado el mismo Windows en dos particiones no voy a entrar a valorarlo