Para poder decirte con certeza, tendría que ver una imagen de las UV, pero el tema está en lo siguiente:
En principio, como muy bien sabes, si un personaje es simetrico, se modela la mitad del mismo, se mapea y se duplica en simetría, de modo que tenemos el personaje completo y las Coordenadas SUPERPUESTAS de forma exacta.
El problema surge cuando, sólo los electroduendes saben porqué, unos polígonos se acaban quedando fuera de lugar, y poniendo sus coordenadas donde no deben (en medio de una transparencia, por ejemplo).
Por otro lado, quizá sea cosa de la propia textura, que tenga el canal alfa mal puesto o mal distribuido o alguna cosa, yo no descartaría esa posibilidad y le echaria un ojo. Lo digo porque parece que tu personaje transparenta un poco, ¿es a posta?. Si no lo es, puede que XSI esté haciendo una transparecia con el canal alfa y este no esté en B/N del todo, sino algo gris.
Heme aquí, dando palos de ciego XD