joer, pues el unico comportamiento que he visto asi es con el pelo cuando trato de freeze alguna cosa antes que freeze el pelo (o darle en escala). Pero por lo que se vé ahi yo te preguntaría si antes de hacer nada le distes set neutral pose a toda esas geometrías.
Está clarisimo que los centros de esas geometrías están por todos lados. Justo me pasó eso cuando asigné un lattice a un mesh y lo exporté como modelo, luego al reimportarlo el mesh salió como el tuyo. Asegurate que todos tus ejes del centro del objeto estén mirando correctamente -que conmicidan con el del visor- y que esten puestos en pose neutral.
Avisame.