La unica diferencia que he visto entre los models internos y externos es esta:
Los models internos, van dentro de lo que es el archivo de la escena q estes utilizando, es decir, el archivo de la escena contiene toda la informacion del modelo en si.
En cambio en los modelos externos, si te fijas, se crea un archivo (creo q era .mdl y no emdl como los de la carpeta models, o quiza son iguales, no lo recuerdo) en la misma carpeta dodne se guardan las escenas. Asi al cargar tu trabajo, la escena llama al model externo en cuestion, y lo carga. La verdad, alguna utilidad supongo que tendra, la cual yo aun no veo muy clara, pero bueno, si alguien pudiera aclarar esto, estaria bien.
Espero haberme explicado con claridad, ya q esto de las explicaciones no es mi fuerte. Saludos