A ver, si entiendo bien, tu problema es con los UV's de Zbrush.
Bien, es normal, son una kk.
XD
Exporta el obj en su nivel de division mas bajo y crea las uv's desde otra aplicaión externa a Zbrush (UvLayout, Softimage, Maya,..o lo que sea en tu caso)
Luego vuelves a Zbrush y teniendo el modelo original seleccionado y en su nivel de divison mas bajo le das a importar y seleccionas el obj al que has sacado las uv's. Automaticamente se "updatará" (xd, bonita palabra) y tendras el modelo en Zbrush con unas uv's decentes.
Para que esto funcione no debes modificar la geometria al "sacar" el obj de zbrush y luego volver a "meterlo".
Otra opcion es descargarte el plugin para Zbrus "UVmaster" (creo que se llama asi,..ahora no me acuerdo), desde la pagina de Pxicologic,..va bastante bien,...aunque a veces no relaja bien las uv's.