Comentas que no te había ocurrido antes, lo que me da que pensar que este mismo proceso con este mismo tipo de elementos en estas circunstancias ya lo habías hecho y que te había funcionado, por lo tanto, dejándo de lado una inestabilidad del sistema, lo más probable es que estés haciendo algo diferente y no te hayas dado cuenta.
Cuándo a mí me pasa eso, limpio la escena de todo lo que haya hecho antes de empezar lo que falla y empiezo de nuevo, paso a paso. Y en este caso, tal y como dice Alanf, los pasos serían:
1- Seleccionar la malla con la mitad de los pesos hechos.
2- En barra de herramientas de animación>Envelope>Create Symmetry map template.
3- Seleccionar los vértices que estén pesados correctamente.
4- Herramientas de Animación>Envelope>Mirror Weights
Creo que no me falta nada. Yo nunca he intentado simetrizar pesos con varias mallas, sólo una consigo misma, respecto a su eje "y", así que no te puedo decir con certeza que vaya a funcionar en dos mallas separadas.