Hombre, en Nuke bastaria con poner un nodo Premultiply. Si quieres lo puedes sacar premultiplicado de render, aunque me da la impresion de que es lo que quieres evitar.
La razon por la que la gente rendea a veces sin premultiplicar es porque si haces, por ejemplo, una correccion de color sobre un render premultiplicado el color de las zonas semitransparentes (como los bordes) deja de ser correcto.
En mi trabajo lo que hacemos es rendear premultiplicado, luego en compo lo despremultiplicamos, hacemos las correcciones de color que hagan falta y por ultimo lo premultiplicamos de nuevo antes de componerlo sobre otra capa.
Para despremultiplicar un render basta con dividir el color por el alpha. El problema de hacer el despremultiplicado en compo es que si rendeas a 8 bits puede que el color que recuperas no sea demasiado fiable. Nosotros rendeamos en 16 o 32 (dependiendo de la capa), por lo que no tenemos este problema.
Antes de meterte en todo este lio del premultiplicado es importante tener claro que es lo que quieres conseguir con ello, porque me da la impresion (a lo mejor me equivoco) de que no tienes muy claro porque lo estas haciendo, sino que lo has leido en algun lado pero tienes algunas lagunas al respecto.
Tu pregunta lo que haga falta y a ver si conseguimos arrojar un poco de luz sobre el asunto.