Piensa que Nuke está disponible para Linux, Mac OS X y Windows, y esto es un plus que Fusion no tiene. Así, la potencia de Nuke en cuanto a workflow gracias al empleo de canales, sería otra gran diferencia con respecto a Fusion.
En cualquier caso, el coste de pasar de uno a otro, en términos de uso, es bastante ínfimo, por lo que no tienes porqué hacer el "esfuerzo" de decantarte por uno u otro si no quieres, y puedes usar ambos indistintamente.
Como apreciación personal, Nuke me parece algo más rápido en playback y renderizado que Fusion, además The Foundry lo hace evolucionar mucho más rápido que Eyeon. En escasas versiones ha solventado carencias como no disponer de sistema de partículas, que Fusion si tenía, o incluir tracker 3D, que hasta ahora Flame era el único paquete de composición que lo incluía.
Nuke ha irrumpido fuerte y ha reemplazado casi totalmente a Flame en el sector cine, debido a la potencia que ofrece y su precio, actualmente 5799€ respecto a los 250.000€ de Flame. Y en publicidad se está aguantando más con Flame porque ese sector está bastante acomodado a trabajador con EDL. No obstante The Foundry lanzó recientemente Hiero, que es un sistema de asset management capacitado para manejar EDL, por lo que Flame poco a poco irá perdiendo terreno también en publicidad como le pasó en el sector cine.
Siempre me ha gustado Flame, pero Autodesk NO, así que me alegro que pierdan ingresos ya que jamás han invertido en desarrollo de software y sus programas han ido quedándose obsoletos, y esto es una realidad que queda de nuevo demostrada con Nuke vs. Flame.