Boujou es quizás el más popular, y también el más caro. Depende de tus necesidades, pero yo he llegado a usar Syntheyes y es la mejor opción para mi en cuanto a precio (unos $600). Además, resulta bastante efectivo con un trackeo automático sin necesidad de configurar nada. Por supuesto tiene herramientas para afinar el trackeo en secuencias difíciles en un modo semiautomático o manual.
El CameraTrack (3D tacking) de Nuke es bastante potente aunque no sea un software especifico de tracking. Incluso con PlanarTrack puedes resolver muchas secuencias, depende del efecto que necesites, claro.
¿Matchmover gratuito? Se puede descargar solo ese software o solo viene incluido en otros paquetes?