Buenas tardes bene geserit, pues he descargado el fbx que me has enviado y lo abro/muevo sin problemas.
No suelo trabajar con fbx, eso es cierto. Pero al abrir me da la opción de de hacerlo mergeado todo o con cada parte en una capa, tanto una opción como otra funcionan igual de normal.
Es preferible tenerlo en capas. Seria algo similar al model en XSI, así cada parte es editable por separado y para animar es lo ideal.
También decirte que tengo una gforce, no una cuadro, así que seleccionándolo todo y moviéndolo si que noto un poco de lentitud, pero vamos, nada anormal. Con una tarjeta mas potente, como en tu caso, eso ni debería notarse.