Con shapes tiene que tener las dos geometrias con el mismo numero de polys y puntos.
Por ejemplo: tienes la cabez de un hombre, la llevas a Zbrush y la conviertes en al cabeza de un elefante pero sin añadir geometria, luego la llevas con el mismo nivel de subdivisión que la cabeza original a Softi, teniendo ésta seleccionada te pones en shape modeling mode y vas a Animation>Deform>Shape> Select Shape Key (y selecionas la cabeza de Elefante).
Ya está, en el Shape Manager tienes los valores para amimar la transición entre ambas.
Entre geometrias con nº de polys distintos no se como, pero dudo que se pueda,..